（1）gag基因

能編碼約500個氨基酸組成的聚合前體蛋白（P55），經(jīng)蛋白酶水解形成p17、p24 及p15三種蛋白，位于外層的是內(nèi)膜蛋白，內(nèi)層是衣殼蛋白，衣殼蛋白的特異性最高，與其他多種反轉(zhuǎn)錄病毒無抗原性關(guān)系，p15繼續(xù)分解成p7和p9，其中 p7為核衣殼蛋白，富含堿性氨基酸，在病毒從宿主細胞出芽釋放時，它與病毒RNA結(jié)合而進入病毒顆粒，使RNA不受外界核酸酶破壞。

（2）pol基因

編碼聚合酶前體蛋白，經(jīng)切割形成蛋白酶、整合酶、反轉(zhuǎn)錄酶、核酸內(nèi)切酶，均與病毒增殖復制有關(guān)。

（3）env基因

編碼約863個氨基酸的前體蛋白并糖基化成gp160，產(chǎn)生包膜糖蛋白，包括gp120和gp41.gp120的肽鏈有些區(qū)域（V1-V5）的氨基酸序列呈高度易變性，其高變區(qū)的V3肽段含有病毒體與中和抗體結(jié)合的位點，HIV病毒在gp120V3環(huán)上有中和抗原表位，在病毒與細胞融合中起重要作用。恒定區(qū)包括C1-C4，其中C4肽段是病毒體與宿主細胞表面的CD4分子結(jié)合的部位。gp120與跨膜蛋白gp41以非共價鍵相連。gp41的疏水性氨基末端，具有介導病毒包膜與宿主細胞膜融合，促使病毒進入靶細胞內(nèi)的作用。實驗表明，gp41有較強抗原性，能誘導產(chǎn)生抗體反應。

（4）LTR

是病毒基因組兩端重復的一段核苷酸序列，含有起始子、增強子及多個與病毒和細胞調(diào)節(jié)蛋白反應的區(qū)域，它們對病毒基因組轉(zhuǎn)錄的調(diào)控起關(guān)鍵作用，其順式調(diào)控序列，控制前病毒基因的表達。

（5）調(diào)節(jié)基因

tat 基因編碼蛋白可與LTR結(jié)合，促進病毒所有基因的轉(zhuǎn)錄，也能在轉(zhuǎn)錄后促進病毒mRNA的翻譯。聊基因產(chǎn)物是一種順式激活因子，能對env和gag中順式作用抑制序去抑制作用，增強pol、env和gag基因的表達，以合成相應的病毒結(jié)構(gòu)蛋白。nef基因編碼負調(diào)節(jié)蛋白對HIV基因的表達有負調(diào)控作用，以推遲病毒復制。該蛋白作用于HIVCDMA的LTR，抑制整合的病毒轉(zhuǎn)錄。是HIV在體內(nèi)維持持續(xù)感染所必需。vpu基因?qū)IV-I并非必不可少，但可能影響游離HW感染性、病毒體的產(chǎn)生和體內(nèi)擴散。vpu基因為HIV-I所特有，對HIV的有效復制及病毒體的裝配與成熟是必需的。vpr基因編碼蛋白是一種弱的轉(zhuǎn)錄激活物，在體內(nèi)繁殖周期中起一定作用。

HIV-2基因結(jié)構(gòu)與HIV-1有差別：它不含vpu基因，但有一功能不明的vpx基因。核酸雜交法檢查HIV-2與HIV-1的核苷酸序列，僅40%相同。env基因表達產(chǎn)物激發(fā)機體產(chǎn)生的抗體無交叉反應。